《冯天瑜文存》系将冯天瑜先生近半个世纪以来有关历史学、文化学专著及学术散文杂论等具有代表性的学术成果，经过修订重新结集出版的一套图书，共17卷20册，包括《中华元典精神》《“千岁丸”上海行——日本人1862年的中国观察》《辛亥首义史》《“封建”考论》《中国思想家论智力  上古神话纵横谈》《月华集》《明清文化史散论》《<劝学篇><劝学篇书后>注评》《晚清经世实学》《江河万古流——中华文明巡礼》《人文论衡》《中国文化生成史》《中国文化近代转型管窥》《张之洞评传》《解构专制——明末清初“新民本”思想研究》《新语探源——中西日文化互动与近代汉语术语生成》《中国学术流变》等在学界产生重要影响的著作，较为全面、系统地反映了冯天瑜先生的学术思想。